孙中山纪念堂在碧云寺内。1925年3月12日孙中山在北京逝世后曾将灵枢停放寺内。同年5月灵枢移葬南京后筑衣冠冢于寺后
灵枢移葬南京后筑衣冠冢于寺后的金刚宝座塔内,寺内普明妙觉殿改为孙中山纪念堂。
纪念堂内陈放孙中山半身塑像和苏联政府赠送的铜盖玻璃棺,两边汉白玉墙壁上镌刻着《孙中山致苏联书》。建国后已整修一新。纪念堂左右两配殿为展览室,陈列孙中山从事革命活动的照片及各种珍贵文献资料。
殿门上方悬挂的“孙中山纪念堂”匾额,是已故中华人民共和国名誉主席宋庆龄手迹。堂中央为孙中山全身坐姿塑像。两侧陈列着苏联所赠玻璃盖钢棺、孙中山遗著、遗墨。南北墙上刻有孙中山先生的遗书。殿两旁的侧室有介绍孙中山生平和事迹的图片等。